utilisez zotero pour votre bibliographie et pour prendre des notes sur les livres et articles que vous lisez
utilisez un logiciel de gestion des notes pour organiser les notes que vous prenez sur votre sujet (ex Simplenote, Evernote ou laverna)
utilisez pdf pour montrer vos textes à ceux qui doivent seulement les lire
utilisez un système de cloud pour vos backups (BitTorrentSync, Dropbox, Owncloud)
utilisez un blogue de recherche (public ou privé) pour écrire vos idées (ça vous permet aussi de les organiser avec des tags ou des catégories) – à propos de ça, regardez, par exemple, ce que raconte Olivier Charbonneau.