pour écrire du texte non formaté, un editor de texte de base (atom, brackets, textedit pour Mac, notepad pour windows, gedit pour Linux, par exemple) et txt
pour écrire des textes qui doivent être imprimés : LaTeX (LyX si vous voulez un outil graphique) - si besoin en passant par une chaîne de transformation (Pandoc)
pour écrire des textes qui doivent être lu à l’écran : html ou markdown (StackEdit)
utilisez zotero pour votre bibliographie et pour prendre des notes sur les livres et articles que vous lisez
utilisez un logiciel de gestion des notes pour organiser les notes que vous prenez sur votre sujet (ex Simplenote, Evernote ou laverna)
utilisez pdf pour montrer vos textes à ceux qui doivent seulement les lire
utilisez un système de cloud pour vos backups (BitTorrentSync, Dropbox, Owncloud)
utilisez un blogue de recherche (public ou privé) pour écrire vos idées (ça vous permet aussi de les organiser avec des tags ou des catégories) – à propos de ça, regardez, par exemple, ce que raconte Olivier Charbonneau.